Notre labo de recherche à Lille dispose d’un poste pour une thèse de science financée pour 3 ans, sur la thématique ‘régulation génique dans la DI’. Pour celles et ceux qui souhaiteraient consolider leur background scientifique, mais avec une forte implication clinique, ce sujet et parfait !
Quelque lignes ci-après décrivant succinctement le projet :
Objectif :
Ce projet vise à caractériser les éléments régulateurs de MED13L, à déterminer ceux dont l’expression est spécifique au cerveau, et à développer une stratégie pour induire la régulation positive de l’allèle de type sauvage du gène dans un modèle d’organoïde cérébral haploinsuffisant MED13L. Nous prévoyons de sélectionner in silico les éléments régulateurs potentiels de MED13L en utilisant les données issues de UCSC Genome Browser (https://genome.ucsc.edu/index.html). Le locus MED13L sera soigneusement analysé, en recherchant des marqueurs épigénétiques spécifiques des éléments régulateurs (H3K27Ac, H3K4me1, H3K4me3), les prédictions à partir de Genehancer, la spécificité d’expression cérébrale chez la souris et les ressources bibliographiques. L’activité des loci sélectionnés, répondant aux critères in silico d’élément régulateur, sera testée par des tests de gènes rapporteurs (tests luciférase) et des tests ‘enhancer assay’ dans des embryons de poisson zèbre en collaboration avec le Pr Pierre-Olivier Angrand (Université de Lille). Nous concevrons ensuite avec l’équipe de Nadav Ahituv un adénovirus CRISPRa-recombinant ciblant les éléments régulateurs spécifiques du cerveau. L’infection des organoïdes cérébraux MED13L-haploinsuffisants sera réalisée dans une enceinte de sécurité biologique appropriée au sein de nos installations universitaires. L’effet sur la régulation de MED13L sera évalué au niveau de la cellule unique par RNA-seq, ATAC-seq et microscopie par immunofluorescence. Une comparaison avec des organoïdes cérébraux de type sauvage et non traités sera effectuée. Grâce à ce protocole, nous visons également à déterminer le rôle précis de chaque élément dans le neurodéveloppement.
Contact:
Jamal GHOUMID, M.D, Ph.D PU-PH Clinique de Génétique, CHU de Lille
jamal.ghoumid@chu-lille.fr