Orientations et Sur-spécialisations

La génétique médicale est une discipline transversale en perpétuel mouvement. Avec l’évolution rapide et constante des technologies d’analyse, les pratiques médicales évoluent et les métiers changent. Voici un petit aperçu du rôle et des pratiques de la génétique. Notons que ces « catégories » se complètent et ne s’excluent pas !

Généticien clinicien
Il s’agit d’un médecin hospitalier (CHU le plus souvent) qui possède une expertise dans le domaine des maladies rares.
Soit les patients lui sont adressés en consultation soit il reçoit des demandes d’avis formulées par différents services hospitaliers.
En général, il possède plusieurs domaines d’expertise correspondant aux différents “labels” (filières, centres de référence ou de compétence) de son établissement d’exercice (Voir à ce sujet) : anomalies du développement et syndromes malformatifs, maladies sensorielles, maladies neuromusculaires, maladies osseuses constitutionnelles…

Il est principalement sollicité pour la recherche du diagnostic et pour orienter les examens complémentaires et les analyses génétiques en lien avec les laboratoires de diagnostic et les équipes de recherche. Mais il coordonne également la prise en charge des patients en lien avec les médecins spécialistes d’organe. Il collecte les données de suivi des patients et participe à la rédaction de protocoles nationaux de diagnostic et de soins (PNDS) et à des programmes hospitaliers de recherche clinique (PHRC) pour les maladies rares.

Il a également une activité au sein d’un Centre Pluridisciplinaire de Diagnostic Prénatal (CPDPN) où il intervient dans le diagnostic et la prise en charge des anomalies échographiques dépistées pendant une grossesse, en collaboration avec les obstétriciens, radiologues, néonatologistes et spécialistes d’organe et/ou chirurgiens pédiatres.

Il peut travailler en collaboration avec les anatomopathologistes (ou être lui même diplômé en foetopathologie) et aider à la recherche d’un diagnostic après une Interruption Médicale de Grossesse (IMG). Dans ce cadre, il peut réaliser des autopsies foetales.

Il a un rôle important de conseil génétique, en collaboration avec les conseillers en génétique, pour informer et prévenir du risque de récidive d’une pathologie identifiée dans une famille. Il participe ainsi à l’information familiale selon l’article R.1131-20-1 du Code de la Santé Publique (voir également).

Cytogénéticien
Il s’agit d’un médecin hospitalier (CHU ou CH le plus souvent) qui étudie les grands remaniements du génome humain (entre 100 kb et 10Mb).
La cytogénétique se divise en cytogénétique constitutionnelle (anomalie présente dès la naissance) et cytogénétique oncohématologique (anomalie acquise).
En constitutionnel, le cytogénéticien réalise des examens prénataux (grossesse à risque, signes échographiques, dépistage T21,…) et des examens postnataux (anomalie du développement et syndromes malformatifs). Son travail consiste à connaître sur le bout des doigts les indications, protocoles et biais d’interprétation des examens de laboratoire : caryotype, FISH, Analyse Chromosomique sur Puce à ADN (ACPA), … La majeure partie de son travail consiste à interpréter les examens selon les guides de bonne pratique du laboratoire (qualité, certification et accréditation). En fonction de l’indication et des premiers résultats, il doit confirmer le diagnostic ou poursuivre les analyses (enquête familiale, autres techniques…).
En onco-hématologie, le cytogénéticien valide et interprète les mêmes examens mais il s’agit d’identifier des anomalies chromosomiques somatiques (liées aux cellules cancéreuses).
Le plus souvent les examens cytogénétiques sont prescrits par un clinicien (généticien, hématologue,…) mais parfois le cytogénéticien assure lui-même des consultations.
Dans tous les cas il participe avec les cliniciens aux staffs pluridisciplinaires avec les cliniciens et discute des cas complexes en terme d’interprétation. En effet, la découverte d’une anomalie rare et jamais décrite fait partie du quotidien du biologiste. Le lien avec la recherche est donc indispensable pour mieux comprendre les anomalies observées et s’assurer de leur implication dans la pathologie du patient (polymorphisme, VOUS versus variant pathogène?).
Il peut être amené à mettre au point de nouvelles techniques diagnostiques au sein de son laboratoire : par exemple, la mise en place récente du Diagnostic Pré-Natal Non Invasif (DPNI) (Voir à ce sujet).
Ces dernières années, du fait des avancées technologiques, les pratiques du cytogénéticien et celle du biologiste moléculaire tendent à se rapprocher.
Généticien moléculariste
Il s’agit d’un médecin hospitalier (CHU le plus souvent) qui étudie les petites variations du génome humain (à partir d’une 1 pb). 

Comme pour le cytogénéticien, son travail consiste à connaître sur le bout des doigts les indications, protocoles et biais d’interprétation des examens de laboratoire : séquençage Sanger, QMPSF, MLPA, Séquençage massif en parallèle (NGS) de panel de gènes ou d’exome, …

La majeure partie de son travail consiste à interpréter les examens selon les guides de bonne pratique du laboratoire (qualité, certification et accréditation).

 

Il participe aussi aux staffs pluridisciplinaires avec les cliniciens et discute des cas complexes en terme d’interprétation.

Il a très souvent une activité de recherche en parallèle pour l’identification des mécanismes physiopathologiques de certains variants. De la même façon, il peut être amené à mettre au point de nouvelles techniques diagnostiques au sein de son laboratoire.
En général, il oriente sa pratique sur quelques pathologies d’intérêt dont il finit par devenir “expert”. Il fait partie des réseaux nationaux de diagnostic (filières) qui permettent de favoriser les échanges et les bonnes pratiques sur le territoire.
À noter, une formation en bio-informatique est de plus en plus indispensable pour la gestion des données génomiques.

Le plan France Médecine Génomique 2025 va permettre l’organisation de plateforme de séquençage à haut débit et redessiner le paysage de la génétique médicale (Voir à ce sujet).

Oncogénéticien
Il s’agit d’un médecin hospitalier (CHU ou CLCC) qui possède une expertise dans le domaine des cancers héréditaires / cancers avec prédisposition génétique (Voir à ce sujet).
Du côté clinique, il joue un rôle dans le diagnostic et l’information des patients présentant un cancer avec des « critères » faisant suspecter une mutation dans un gène spécifique (ex : gènes BRCA et syndrome sein-ovaire). L’identification de l’anomalie génétique renseigne sur sur le risque de récidive ou de survenue d’un autre cancer et permet d’adapter la surveillance. Certaines mutations ont aussi un impact théranostique : leur identification permet de prédire une réponse à certains traitement (ex : inhibiteurs de PARP). Lorsqu’une mutation est mise en évidence chez un patient, il est indispensable de proposer une enquête familiale. L’objectif est d’identifier les sujets porteurs de la mutation (à risque tumoral élevé) et de proposer un suivi personnalisé voire de discuter une chirurgie prophylactique (Voir à ce sujet).
Du côté du laboratoire, l’enjeu est d’identifier les anomalies constitutionnelles (prédisposition) mais aussi somatiques qui sont à l’origine du cancer. La génétique somatique (plus du ressort de l’anapath que du généticien), c’est-à-dire l’identification des mutations dans les cellules tumorales, a permis d’améliorer la classification des tumeurs et leurs traitements. De nombreuses avancées ont eu lieu ces dernières années et on permis d’améliorer nos connaissances. On peut citer par exemple le développement de la biopsie liquide (Voir à ce sujet). Beaucoup reste encore à faire pour comprendre les bases moléculaires du cancer.
Ici encore, le généticien (côté clinique ou laboratoire) a un rôle central d’interlocuteur avec les nombreux médecins qui s’occupent de la prise en charge du patient: oncologues, radiothérapeutes, anatomopathologistes, spécialistes d’organe, chirurgiens…
Foetopathologiste

La foetopathologie, c’est l’examen anatomopathologique des fœtus et des enfants décédés en période périnatale. C’est donc une autopsie foetale, précédée d’un examen radiographique, suivie d’un examen au microscope des prélèvements tissulaires pratiqués lors de cette autopsie et éventuellement, d’autres moyens mettant en œuvre des techniques plus sophistiquées.

Le but de l’examen foetopathologique, c’est d’aboutir à un diagnostic aussi précis que possible de l’échec de grossesse. Tout doit être mis en œuvre pour atteindre ce but en gardant constamment à l’esprit qu’il s’agit d’une étape ultime et qu’aucune erreur ou omission ne pourra être rattrapée. Cet examen est essentiel pour le conseil génétique, c’est-à-dire pour l’appréciation du risque que l’anomalie se reproduise lors d’une grossesse ultérieure. On peut dire, en corollaire, que l’absence d’examen fœtopathologique représente une véritable perte de chances pour le suivi d’une grossesse ultérieure.

Au cours de cet examen, il est procédé à un inventaire exhaustif des lésions et à de multiples prélèvements. Le plus souvent, le diagnostic est établi soit directement, soit au cours d’une réunion pluridisciplinaire. D’autres fois, on se limitera à un inventaire devant un ensemble lésionnel qu’on ne peut pas, en l’état actuel des connaissances, rattacher à une pathologie précise.

Les examens foetopathologiques sont donc essentiellement pratiqués dans l’intérêt direct des couples, même si, complétant ce premier objectif, il s’agit également d’améliorer nos connaissances dans le domaine des maladies fœtales afin de mieux les diagnostiquer, mieux les prévenir et, si possible, mieux les traiter.

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